Sau khi hoàn thành công cuộc Nam tiến của mình, trong những năm cuối đời, Chúa Võ trở nên tự đắc. Ông say mê tửu sắc, không còn thiết tha việc nước nữa. Theo thông tin trên trang Nguyễn Phước tộc, thì:

Trong những năm về sau, mãi sống trong cảnh thanh bình, xa hoa, ngài [Võ vương] đâm ra say mê tửu sắc, không thiết tha việc nước, xa rời nhiệm vụ của bậc đế vương. Thêm vào đó, để dễ dàng trong việc tiếm quyền, Trương Phúc Loan [cậu ruột của Võ vương] đã khuyến dụ ngài đi vào con đường nữ sắc. Một cung phi rất được ngài sủng ái là Công nữ Nguyễn Phúc Ngọc Cầu, con của Dận quốc công Nguyễn Phúc Điền (chú ruột của Võ vương). Đây chính là mầm mống gây cảnh suy tàn của triều đại sau này.[26].

Chính sự họ Nguyễn cuối thời Nguyễn Phúc Khoát đã gây những ảnh hưởng tiêu cực cho dân chúng. Hệ thống thuế khóa phức tạp, cồng kềnh, nặng nề, quan cấp dưới lạm thu để tham nhũng khiến dân phải nộp nhiều hơn quy định.[27] Thuế thổ sản có tới hàng ngàn thứ, tính cả những sản vật nhỏ nhặt.[28] Năm 1741, Phúc Khoát ra lệnh truy thu thuế của cả những người bỏ trốn. Tới năm 1765 lại có lệnh truy thu thuế còn thiếu của 10 năm trước.[29]

Chúa Võ còn ủy thác cho Trương Phước Loan nắm quyền, dân Đàng Trong càng bị bóc lột nặng nề hơn. Loan nổi tiếng là tham lam, vơ vét của công, mua quỵt của các thương nhân nước ngoài. Có đợt sau trận lụt, nhà Loan bày vàng ra phơi "sáng chóe" cả sân.[30] Thất bại trước những cuộc đụng độ với Xiêm La cộng với sưu thuế nặng nề, cùng tình trạng tham nhũng tại địa phương khiến cho chính quyền chúa Nguyễn càng càng suy yếu đi.

Các quan lại cấp dưới cũng học theo thói xa xỉ đó, nạn tham ô, hối lộ cũng vì thế mà ngày càng nghiêm trọng. Lê Quý Đôn trong Phủ Biên tạp lục có nhận xét về thời kỳ này của chúa Nguyễn Đàng Trong là: “… từ quan to đến quan nhỏ, nhà cửa chạm trổ, tường xây bằng gạch đá, trướng vóc màn the, đồ dùng toàn bằng đồng, bằng sứ, bàn ghế bằng gỗ đàn, gỗ trắc, ấm chén bằng sứ, yên ngựa – dây cương đều nạm vàng, nạm bạc, quần áo là lược, nệm hoa, chiếu mây, lấy phú quý phong lưu để khoe khoang lẫn nhau… Họ coi vàng bạc như cát, thóc gạo như bùn, hoang phí vô cùng…”[31]

Ngày 7 tháng 7, năm 1765, Chúa Võ Nguyễn Phúc Khoát qua đời, thọ 51 tuổi. Ông được táng tại Trường Thái lăng ở làng La Khê (Hương Trà, Thừa Thiên). Đến đời Gia Long, Chúa Võ được thờ tại Thái Tổ Miếu (tức Thái Miếu trong Hoàng thành Huế), án thứ tư bên tả.

Nguyễn Phúc Thuần, con trai thứ 16 của Chúa Võ lên ngôi, dâng thụy hiệu cho cha là: Trí Hiếu Vũ Vương. Năm Bính Dần (1806), Vua Gia Long truy tôn là: Trí Hiếu Võ Hoàng Đế, miếu hiệu là Thế Tông.[32]